PathXL
This post is also available in: English (Engels)
Met PathXL wordt digitale microscopie mogelijk door coupes (zeer dunne plakjes weefsel) gedigitaliseerd aan te bieden. De coupes worden gescand en als URL aan de student aangeboden. Voor de coupes is daarom geen microscoop meer nodig, ze kunnen online bekeken worden. Studenten kunnen zo een practicum voorbereiden, het practicum digitaal uitvoeren en/of de coupes buiten de lessen om bekijken. Docenten zijn niet meer gebonden aan practicumzalen met microscopen, en de beschikbare aantallen coupes.
Bekijk een voorbeeld van een digitale coupe.
In het onderwijs zijn gedigitaliseerde coupes in PathXL op verschillende manieren in te zetten:
- Practicum via de computer in plaats van via de microscoop. Iedereen bekijkt dezelfde coupes en studenten kunnen hierdoor samen naar structuren kijken, en daar beter bij begeleid worden.
- Opnemen in een e-module die het practicum vervangt door zelfstudie. Het bekijken van de digitale coupes is dan een onderdeel in deze e-module. Bekijk dit voorbeeld van hoe PathXL wordt ingezet in een e-module die in Xerte is ontwikkeld.
Wil je meer weten over deze tool? Neem dan contact op met cpio@uu.nl.
Nadat je PathXL hebt aangevraagd krijg je instructies voor het gebruik.
Hoe kan ik mijn coupes (laten) digitaliseren?
De coupes worden gescand bij de afdeling Pathologie van het UMC. De coupes kunnen aangeboden worden bij het CPIO (cpio@uu.nl, Kruytgebouw Z406) en zijn dan meestal binnen een week gescand en beschikbaar. Het CPIO zal ook de gegevens (‘metadata’) van deze coupes willen weten om de digitale bestanden zo goed mogelijk te ordenen.
Wat zijn de eisen die gesteld worden aan de coupes?
De meeste coupes zijn al zo oud dat deze met de hand moeten worden gescand. De afmetingen zijn dan verkeerd, of het preparaat is te zeer verbleekt om dit automatisch t laten scannen. Indien dat nodig is kan het preparaat worden afgedekt met een nieuwe dekglaasje (als er licht onder is gekomen).
Op welke resolutie worden ze gescand, en wat heeft de student voor mogelijkheden bij het bekijken?
Standaard wordt gescand op 40× (400×), maar 100× is ook mogelijk. Dit geeft echter vaak onnodig grote bestanden. De student kan in- en uitzoomen.
Ook kunnen er meerdere lagen worden ingescand (Z-stack). De student kan ook simpel tussen de lagen schakelen, dus ook in de diepte een preparaat bekijken. Elke laag zorgt wel weer veer een verdubbeling van de grootte van het bestand. Als er meerdere lagen gescand moeten worden, dan ook bedenken hoeveel lagen, en op welke afstand.
Ook fluorescentie-coupes kunnen worden gescand. De verschillende kleurkanalen kunnen apart bekeken worden.
De student kan de afbeelding roteren, en kan ook oppervlaktes en afstanden meten. Ook kunnen verschillende coupes naast elkaar worden bekeken.
Ook kan de student het label (‘etiket’) van de coupe bekijken, maar van oude coupes zijn deze helaas vaak onleesbaar of half gescand.
Verder kan de docent annotaties toevoegen in de vorm van pijltjes of omcirkelde gebieden met een toelichting, om de student wegwijs te maken in de coupe.
Wie kan er allemaal bij mijn coupes?
Dit kan aangegeven worden bij het inscannen. Sommige materialen (bijvoorbeeld van patiënten) kunnen beschikbaar worden gesteld met een wachtwoord. Normaal gezien zal al het materiaal voor UU-medewerkers beschikbaar zijn. Wijzigingen (zoals annotaties) kan alleen de eigenaar van de coupes aanbrengen.
Kan ik gebruik maken van coupes die al zijn gedigitaliseerd door anderen?
Dat is zeker de bedoeling. Er zijn vergevorderde plannen voor een doorzoekbare database van alle coupes bij de bibliotheek, maar tot die tijd is het raadzaam om contact te zoeken met het CPIO om coupes te vinden die wellicht interessant zijn. Er zijn nu een groot aantal scans gemaakt met de volgende onderwerpen:
Endocrinologie (pancreas, adrenals, testes, ovary, thyroid, pituitary)
Ontwikkelingsbiologie (kip, hamster, zebravis)
Plantenbiologie
Dierfysiologie (nier, been, huid, endotheel, mesenterium van verschillende diersoorten)
Diergeneeskunde (huid, respiratie, digestie, zowel fysiologie als pathologie)
You are free to share and adapt, if you give appropriate credit and use it non-commercially. More on Creative Commons
